ゴールデン街、荒木町、早稲田、新大久保、新宿二丁目、三丁目―。 　　これらの街を管轄区域とした新宿東署では、日々多くの事件が起こり、刑事が認知していても動けない“手付かず案件”となっている事件が多くある。そんな新宿東署に、一人の車椅子の刑事が配属された。彼の名は、鬼塚一路（北大路欣也）。定年間際の最後の事件で、犯人に刺されて両足の機能を失い車椅子生活となった彼は、１年後、新宿東署刑事課の司法係長に再任用された。鬼塚は、新米時代と定年間際の二度、この新宿東署に配属されている。これにより彼は「昭和」と「平成」ふたつの時代を通して新宿の街の詳細な記憶を持ち、事件を推理する際、「記憶の街」として脳内に描き出すことができる。 　　“手付かず案件”により困っている人がいることを知った鬼塚は気になる事件を調べるようになる・・・そんな中、刑事志望の遠山咲（上白石萌音）とキャリアの刑事官・神啓太郎（風間俊介）が配属される。二人が車椅子の鬼塚の足となり、手付かず案件の捜査が始まる！

ゴールデン街、荒木町、早稲田、新大久保、新宿二丁目、三丁目―。 　　これらの街を管轄区域とした新宿東署では、日々多くの事件が起こり、刑事が認知していても動けない“手付かず案件”となっている事件が多くある。そんな新宿東署に、一人の車椅子の刑事が配属された。彼の名は、鬼塚一路（北大路欣也）。定年間際の最後の事件で、犯人に刺されて両足の機能を失い車椅子生活となった彼は、１年後、新宿東署刑事課の司法係長に再任用された。鬼塚は、新米時代と定年間際の二度、この新宿東署に配属されている。これにより彼は「昭和」と「平成」ふたつの時代を通して新宿の街の詳細な記憶を持ち、事件を推理する際、「記憶の街」として脳内に描き出すことができる。 　　“手付かず案件”により困っている人がいることを知った鬼塚は気になる事件を調べるようになる・・・そんな中、刑事志望の遠山咲（上白石萌音）とキャリアの刑事官・神啓太郎（風間俊介）が配属される。二人が車椅子の鬼塚の足となり、手付かず案件の捜査が始まる！

因某事件而靠轮椅生活的鬼冢一路（北大路欣也饰）退休后，被重新任用为新宿东署刑事课司法系长。某日，在“新宿植物园”发现了一具男性尸体。从尸体的身…

令和6年（2024年）3月，新宿东署司法科办公室里，木地本淳子（余贵美子 饰）等人带来惊人消息，他们怀疑鬼冢一路（北大路欣也 饰）七年前侦办的伤害致死案可能是冤案。这起案件发生在平成29年（2017年）4月新宿黄金街的酒吧“四季之路”，被害人是出租车司机才谷春雄（村松利史 饰）。当时警方逮捕了在靖国通行走的矢部优介（袴田吉彦 饰），因其随身携带的熊手护符上稻穗装饰与案发现场散落稻穗一致，且他本人承认罪行。但最近一起伤害案中，被害人手臂上留下的三道伤痕与才谷身上擦伤极为相似，经比对完全吻合。这表明，即将刑满释放的优介或许并非当年真凶。在神启太郎（风间俊介 饰）指示下，警方重新展开调查，随着新证据不断浮现，令和时代这起案件正逐步揭开平成时代那桩伤害致死案的真相——鬼...

令和6年（2024年）3月。 新宿东署司法科的办公室里，木地本淳子（余贵美子 饰）一行人出现，并带来了一个惊人的消息——他们怀疑鬼冢一路（北大路欣也 饰）七年前侦办的伤害致死案件可能是一桩冤案。 案件发生在平成29年（2017年）4月，事发地点是新宿黄金街的酒吧“四季之路”，被害人是出租车司机才谷春雄（村松利史 饰）。警方逮捕了事发时在靖国通行走的矢部优介（袴田吉彦 饰），因为他随身携带的熊手护符上的稻穗装饰与案发现场散落的稻穗一致，而他本人也承认了罪行。然而，最近一起伤害案的被害人手臂上留下了与才谷身上的擦伤极为相似的三道伤痕，经过比对后完全吻合。这意味着，即将刑满释放的优介，或许根本不是当年的真凶？ 在神启太郎（风间俊介 饰）的指示下，警方重新展开调查，而随着新的证据逐渐浮出水面，令和时代的这起案件，正一步步揭开平成时代那桩伤害致死案的真相——鬼...

南秀吉死后的一年，白鸟龙彦（绫野刚 饰）依旧盘桓在灯红酒绿的歌舞伎町，从事着搜罗者的行当。某个晚上，名叫小泽麻由美（广濑爱丽丝 饰）的女孩跑来向白鸟求助。原来麻由美债台高筑，正被有着黑道背景的讨债人追得走投无路。在白鸟的帮助下，麻由美被妈妈桑凉子（山田优 饰）雇佣，成为一名风尘业中的女招待。　　与此同时，垮台的“闺阁”被白鸟所在的Burst合并，用更为诱人的条件吸引女孩子的搜罗者猛然增多，他们为了争夺“客源”恶性竞争，公司内部的气氛变得分外紧张和糟糕。恼怒的社长山城神（丰原功补 饰）为了扩大业务，决定将势力伸向横滨。值此关头，横滨出身的关玄介（深水元基 饰）和白鸟成为入侵横滨的先头部队。白鸟虽然对此颇为抵触，不过当听说从新宿失踪的搭档洋介（久保田悠来 饰）在横滨出没的消息后，他还是决定启程。　　关和白鸟得知，全日本酒贩联合会会长住友宏树（椎名桔平 饰）正打算在横滨兴建大型的风俗店分店，二人为此踌躇满志，自以为胜券在握。然而想吃到这块肥肉却绝非易事，平趟横滨黑白两道的搜罗者公司Wizard的社长泷正树（浅野忠信 饰）是一个暴虐可怕、心狠手辣的人物，他所建立的独裁王国是外来入侵者难以撼动的恐怖存在。懵懂无知的二人很快遭到同行和警察的联合绞杀。　　未过多久，横滨搜罗者以牙还牙，不仅将触角伸向新宿，更与Burst背后的黑道老板纹舞会会长天野修缮（吉田钢太郎 饰）接洽。巨大的危机降临Burst头上，关和白鸟则遭到开除的惩罚，而新宿和横滨的对决才刚刚拉开序幕……

《新宿天鹅2》的故事舞台随着同名漫画续作发展，搬到了日本横滨上演。男主角白鸟龙彦（绫野刚 饰）将与浅野忠信所饰演的“横滨巫师”社长泷正树正面对抗…